Zum Phytobenthos gehören Algen, Moose und höhere Wasserpflanzen (Makrophyten). Neben dem inventarischen Eigenwert dieser Pflanzengruppen können aus dem Wuchsbild und dem Artenspektrum Rückschlüsse auf die Standorteigenschaften hinsichtlich Lichtklima, Abflussdynamik, Sohlenstabilität, Wasserqualität u.ä. gezogen werden. Seltene Arten weisen auf spezielle Lebensräume hin.
Die Module Kieselalgen Stufe F und Wasserpflanzen sind Teil des Modul-Stufen-Konzepts des Bundes zur Beurteilung des ökologischen Zustandes von Fliessgewässern.